Museum Gajah banyak mengoleksi benda-benda kuno dari seluruh Nusantara. Antara lain yang termasuk koleksi adalah arca-arca kuno, prasasti, benda-benda kuno lainnya dan barang-barang kerajinan. Koleksi-koleksi tersebut dikategorisasikan ke dalam etnografi, perunggu, prasejarah, keramik, tekstil, numismatik, relik sejarah, buku langka dan benda berharga.

Bentuk edukasi yang bisa pengunjung dapatkan di museum tidak hanya dari sajian koleksinya, namun juga kegiatan yang dilaksanakan di sana. Bentuk kegiatan yang biasanya dilaksanakan di museum di antaranya adalah seminar, diskusi, pameran dengan tema khusus dan lokakarya. Kegiatan ini tidak hanya memperkaya pengetahuan pengunjung, namun juga memberikan kesan tersendiri di setiap kunjungannya.