Museum ini menyajikan koleksi dari hasil karya seniman-seniman Indonesia sejak kurun waktu 1800-an hingga saat sekarang.

Koleksi Seni Lukis Indonesia dibagi menjadi beberapa ruangan berdasarkan periodisasi yaitu:

• Ruang Masa Raden Saleh (karya-karya periode 1880 - 1890)
• Ruang Masa Hindia Jelita (karya-karya periode 1920-an)
• Ruang Persagi (karya-karya periode 1930-an)
• Ruang Masa Pendudukan Jepang (karya-karya periode 1942 - 1945)
• Ruang Pendirian Sanggar (karya-karya periode 1945 - 1950)
• Ruang Sekitar Kelahiran Akademis Realisme (karya-karya periode 1950-an)
• Ruang Seni Rupa Baru Indonesia (karya-karya periode 1960 - sekarang)

Untuk Koleksi seni rupa menampilkan patung-patung sepeti Totem Asmat dan lain-lain.

Sedangkan koleksi keramik menampilkan keramik dari beberapa daerah Indonesia dan seni kreatif kontemporer. Selain itu ada juga koleksi keramik dari mancanegara seperti keramik dari Tiongkok, Thailand, Vietnam, Jepang dan Eropa dari abad 16 sampai dengan awal abad 20.